Gestion et valorisation des carottes sédimentaires à but scientifique en France : vers un système intégré

Résumé : Les carottes sédimentaires font l'objet d'un intérêt grandissant de la part des paléo-environnementalistes mais également d’écologues qui s'intéressent à la trajectoire des écosystèmes (Pansu et al., 2015; Perga et al., 2015). Les carottes marines ou continentales prélevées dans le cadre de consortiums internationaux (IODP, ICDP) donnent l’exemple depuis des décennies en terme de partage d’échantillons pour ce type d’étude ; plus récemment l’augmentation de ré-études massives de données publiées (Bolliet et al., 2016; Cartapan is et al., 2016) démontrent la valeur de ces échantillons et des données associées. De leur côté depuis quelques années, les législateurs et financeurs poussent à l’ouverture, au partage et à la traçabilité des données : on peut citer l’OCDE, l’UE, l’ERC... Comment notre communauté peut-elle s’inscrire au quotidien dans ces processus qui demandent de profonds changements culturels dans nos pratiques de recherche ? C’est pour tenter d’apporter une réponse à cette question que nous avons cherché à développer un système intégré de captation et de gestion des métadonnées des échantillons issus de forages scientifiques, qui puisse être implémenté au niveau national et connecté à des initiatives internationales, sur lequel pourront venir s’appuyer les futurs Plans de Gestion de Données. Par une approche bottom-up, pragmatique et au plus près des pratiques des équipes de recherche, nombreuses, dispersées, aux moyens inégaux, et en s’appuyant sur des initiatives existantes, nous tentons de répondre petit à petit à différents niveaux - de la mission de prélèvement jusqu'à leur stockage, en passant par la mise à disposition, le suivi et la valorisation des échantillons et des métadonnées qui leur sont associées. Des avancées rapides ont pu être obtenues par la rencontre entre une communauté de paléoécologues et des équipes techniques novatrices dans le domaine du partage et de l’interopérabilité mêlant des informaticiens, géomaticiens, curateurs d’échantillons et de données. Cette dynamique s’appuie sur 3 projets nationaux (Cyber-Carothèque nationale s/c Equipex CLIMCOR ANR-11-EQPX-0009 ; QR-Code LTSER- France ; ROZA LTSER-France) et s’inscrit dans le cadre du Centre de Carottage et de Forage National (C2FN), une cellule de la division technique de l’INSU. Nous présenterons dans cette intervention 4 outils qui seront à court terme interconnectés : i)CoreBOOK, une application mobile de terrain dédiée à la captation des métadonnées de forage ; ii) le portail de la cyber-carothèque national, un hub accueillant les données nouvellement acquises et les inventaires de carothèques ; iii) Collec-Science, outil générique de gestion de collections d’échantillons naturels adapté à nos besoins (s/c projet QrCODE); enfin iv) ROZA (Rétro-Observatoire des Zones Ateliers), un prototype de découvreur et visualiseur de données destiné à favoriser la réutilisation des échantillons et des données paléoenvironnementales en mettant à disposition les données essentielles à la capitalisation des connaissances d’études successives sur un même site. Les perspectives aujourd'hui sont grandes, le système modulaire qui commence à se dessiner doit permettre à chacun de trouver son compte, à son rythme, où opérationnel peut enfin rimer avec standardisation, traçabilité et interopérabilité tout en conservant une utilisabilité au plus proche des activités et besoins quotidiens des chercheurs et personnels d’accompagnement, afin d’opérer un virage en douceur vers des pratiques de la science dite « ouverte "
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https://hal-sde.archives-ouvertes.fr/hal-01887390
Contributor : Christine Maury Referent Hal Edytem <>
Submitted on : Thursday, October 4, 2018 - 9:49:28 AM
Last modification on : Friday, June 14, 2019 - 6:31:19 PM

Identifiers

  • HAL Id : hal-01887390, version 1

Citation

Cécile Pignol, Fabien Arnaud, Julien Ancelin, Laurent Augustin, Karim Bernardet, et al.. Gestion et valorisation des carottes sédimentaires à but scientifique en France : vers un système intégré. Colloque Q11 AFEQ-CNF-INQUA, 2018, Orléans, France. ⟨hal-01887390⟩

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