Gestion et valorisation des carottes sédimentaires à but scientifique en France : vers un système intégré

Cécile Pignol; Fabien Arnaud; Julien Ancelin; Laurent Augustin; Karim Bernardet; Isabelle Billy; Arnaud Caillo; Michel Calzas; Xavier Crosta; Maxime Debret; Franck Delalee; Anne-Lise Develle; Olivier Evrard; Bruno Galabertier; Elodie Godinho; Cécile Grosbois; Wilfried Heintz; Brice Mourier; Christine Plumejeaud; Eric Quinton; Mathias Rouan; Pierre Stéphan; Pierre Sabatier; Grafenstein U. Von; Vincent Bretagnolle; Denis-Didier Rousseau

Gestion et valorisation des carottes sédimentaires à but scientifique en France : vers un système intégré

Cécile Pignol ¹ Fabien Arnaud ¹ Julien Ancelin Laurent Augustin ² Karim Bernardet ² Isabelle Billy ³ Arnaud Caillo ⁴ Michel Calzas ⁵ Xavier Crosta ³ Maxime Debret ⁶ Franck Delalee ⁷ Anne-Lise Develle ⁸ Olivier Evrard ⁹ Bruno Galabertier ¹ Elodie Godinho ⁴ Cécile Grosbois ¹⁰ Wilfried Heintz ¹¹ Brice Mourier ¹² Christine Plumejeaud ¹³ Eric Quinton ¹⁴ Mathias Rouan ¹⁵ Pierre Stéphan ¹⁵ Pierre Sabatier ¹ Grafenstein U. Von ^{9, 16} Vincent Bretagnolle Denis-Didier Rousseau ⁶

1 EDYTEM - Environnements, Dynamiques et Territoires de la Montagne

2 DTI - Division technique INSU/SDU

3 EPOC - Environnements et Paléoenvironnements OCéaniques

4 C2FN

5 CNRS DT-INSU

6 LMD - Laboratoire de Météorologie Dynamique (UMR 8539)

7 OASU - Observatoire aquitain des sciences de l'univers

8 LCE - Laboratoire Chrono-environnement - UFC (UMR 6249)

9 LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette]

10 GRESE - Groupement de Recherche Eau, Sol, Environnement

11 DYNAFOR - Dynamiques Forestières dans l'Espace Rural

12 Impacts des Polluants sur les Écosystèmes

LEHNA - Laboratoire d'Ecologie des Hydrosystèmes Naturels et Anthropisés

13 LIENSs - LIttoral ENvironnement et Sociétés - UMR 7266

14 UR EABX - Ecosystèmes aquatiques et changements globaux

15 LETG - Brest - Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique

LETG - Littoral, Environnement, Télédétection, Géomatique UMR 6554

16 GEOTRAC - Géochrononologie Traceurs Archéométrie

LSCE - Laboratoire des Sciences du Climat et de l'Environnement [Gif-sur-Yvette] : DRF/LSCE

Résumé : Les carottes sédimentaires font l'objet d'un intérêt grandissant de la part des paléo-environnementalistes mais également d’écologues qui s'intéressent à la trajectoire des écosystèmes (Pansu et al., 2015; Perga et al., 2015). Les carottes marines ou continentales prélevées dans le cadre de consortiums internationaux (IODP, ICDP) donnent l’exemple depuis des décennies en terme de partage d’échantillons pour ce type d’étude ; plus récemment l’augmentation de ré-études massives de données publiées (Bolliet et al., 2016; Cartapan is et al., 2016) démontrent la valeur de ces échantillons et des données associées. De leur côté depuis quelques années, les législateurs et financeurs poussent à l’ouverture, au partage et à la traçabilité des données : on peut citer l’OCDE, l’UE, l’ERC... Comment notre communauté peut-elle s’inscrire au quotidien dans ces processus qui demandent de profonds changements culturels dans nos pratiques de recherche ? C’est pour tenter d’apporter une réponse à cette question que nous avons cherché à développer un système intégré de captation et de gestion des métadonnées des échantillons issus de forages scientifiques, qui puisse être implémenté au niveau national et connecté à des initiatives internationales, sur lequel pourront venir s’appuyer les futurs Plans de Gestion de Données. Par une approche bottom-up, pragmatique et au plus près des pratiques des équipes de recherche, nombreuses, dispersées, aux moyens inégaux, et en s’appuyant sur des initiatives existantes, nous tentons de répondre petit à petit à différents niveaux - de la mission de prélèvement jusqu'à leur stockage, en passant par la mise à disposition, le suivi et la valorisation des échantillons et des métadonnées qui leur sont associées. Des avancées rapides ont pu être obtenues par la rencontre entre une communauté de paléoécologues et des équipes techniques novatrices dans le domaine du partage et de l’interopérabilité mêlant des informaticiens, géomaticiens, curateurs d’échantillons et de données. Cette dynamique s’appuie sur 3 projets nationaux (Cyber-Carothèque nationale s/c Equipex CLIMCOR ANR-11-EQPX-0009 ; QR-Code LTSER- France ; ROZA LTSER-France) et s’inscrit dans le cadre du Centre de Carottage et de Forage National (C2FN), une cellule de la division technique de l’INSU. Nous présenterons dans cette intervention 4 outils qui seront à court terme interconnectés : i)CoreBOOK, une application mobile de terrain dédiée à la captation des métadonnées de forage ; ii) le portail de la cyber-carothèque national, un hub accueillant les données nouvellement acquises et les inventaires de carothèques ; iii) Collec-Science, outil générique de gestion de collections d’échantillons naturels adapté à nos besoins (s/c projet QrCODE); enfin iv) ROZA (Rétro-Observatoire des Zones Ateliers), un prototype de découvreur et visualiseur de données destiné à favoriser la réutilisation des échantillons et des données paléoenvironnementales en mettant à disposition les données essentielles à la capitalisation des connaissances d’études successives sur un même site. Les perspectives aujourd'hui sont grandes, le système modulaire qui commence à se dessiner doit permettre à chacun de trouver son compte, à son rythme, où opérationnel peut enfin rimer avec standardisation, traçabilité et interopérabilité tout en conservant une utilisabilité au plus proche des activités et besoins quotidiens des chercheurs et personnels d’accompagnement, afin d’opérer un virage en douceur vers des pratiques de la science dite « ouverte "

Document type :

Conference papers

Domain :

Environmental Sciences / Global Changes

Environmental Sciences / Biodiversity and Ecology

Environmental Sciences / Environmental Engineering

Environmental Sciences / Environmental and Society

Humanities and Social Sciences / Geography

Complete list of metadatas

https://hal-sde.archives-ouvertes.fr/hal-01887390
Contributor : Christine Maury Referent Hal Edytem <>
Submitted on : Thursday, October 4, 2018 - 9:49:28 AM
Last modification on : Thursday, February 20, 2020 - 7:23:26 PM

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